La consulta ciudadana sobre el NAIM no estuvo exenta de problemas, como la denuncia de votos duplicados, por lo que la Fundación Arturo Resenblueth espera superar cualquier eventualidad que se presente durante la votación para definir la construcción del Tren Maya.
Enrique Calderón Alzati, presidente de la organización encargada de llevar el conteo, afirma que se han arreglado los problemas de la aplicación que permitían a los ciudadanos emitir su opinión en más de una ocasión.
Otra de las recomendaciones que se hace a los funcionarios de casillas para evitar inconvenientes, es que lleven teléfonos celulares con mejor conectividad, aunque los tengan que pedir prestados.
